扣税由单位哪个部门扣

根据《中华人民共和国个人所得税法》的规定，个人所得税的扣缴义务人包括向个人支付工薪所得的财政部门（或机关事务管理、人事等部门）、行政机关、事业单位。这些单位在发放工资时应依法代扣代缴个人所得税。

具体来说：

财政部门或机关事务管理、人事等部门负责向行政机关、事业单位工作人员发放工资时扣缴个人所得税。

行政机关、事业单位在向个人支付与任职、受雇有关的其他所得时，需要将这部分所得与工资合并计算应纳税所得额和应纳税额，并代扣代缴个人所得税。

扣缴义务人需要实行全员全额扣缴申报，并向主管税务机关报送扣缴个人所得税报告表、代扣代收税款凭证、支付个人收入明细表以及其他相关资料。

扣缴义务人应在次月十五日前将所扣税款缴入国库，并向税务机关报送《个人所得税扣缴申报表》。

因此，单位中负责扣税的部门通常是单位的财务部门或者人事部门，他们根据税法规定和税务机关的要求，负责员工的工资薪金所得的个人所得税扣缴工作。